Le logo de la CJCA utilise une combinaison de formes et de couleurs qui symbolisent :

1. La carte de l’Afrique, représente l’étendue géographique de l’espace de justice constitutionnelle couvert par l’organisation ;
2. Les quatre lettres « CJCA » désignant la Conférence sont présentées en la forme d’une balance, les deux « C » symbolisent les bras de balance, le tout incarne la justice ;
3. L’étoile dans le nord du continent, pour indiquer qu’Alger est le lieu du siège de la CJCA ;
4. Les couleurs bleu et marron signifient la paix et la terre.